Thành lập

Nhóm cánh tả tuyên chiến với chính phủ Nhật Bản vào tháng 9 năm 1969 nên ngay từ đầu nhiều thành viên đã bị cảnh sát bắt giữ, trong số đó có Takaya Shiomi, được coi là người sáng lập và lãnh đạo giới trí thức. Ông bị tống giam vào năm 1970. Khoảng 200 thành viên bị bắt nên lực lượng bị suy yếu khiến số còn lại hợp nhất với nhóm Maoist (những người theo chủ nghĩa cộng sản của Mao Trạch Đông) chính thức thành lập Hồng quân Liên hiệp vào tháng 7 năm 1971.

Ngày 26 tháng 2 năm 1971 vào thời kỳ Chiến tranh Lạnh. Shigenobu, một thành viên quan trọng của phái Hồng quân tại Nhật Bản, vốn xuất thân từ một chiến sĩ trong tổ chức Liên minh Cộng sản Cánh tả mới. dựa theo quyển sách luận về căn cứ địa Quốc tế của phái Hồng quân thuộc nhóm Liên minh những người Cộng sản, đánh giá những điều tất yếu để duy trì và củng cố quân Liên minh và cứ điểm của phong trào tại nước ngoài của phái Hồng quân. Shigenobu và Okudaira Tsuyoshi, cựu thành viên nhóm thân Palestine ở Kyoto quyết định thành lập một nhóm vũ trang cách mạng riêng biệt tại Palestine. Lúc đầu, nhóm còn có những tên gọi khác như Hồng quân Cách mạng, Ủy ban Ả Rập phái Hồng quân, và Hồng quân Ả Rập. Từ sau năm 1974 Hồng quân Nhật Bản mới được dùng làm tên gọi chính thức.

Hoạt động khủng bố

Từ năm 1970 tới 1980, nhóm hoạt động chủ yếu ở cao nguyên Bekaa, cùng hợp tác với phe quá khích cực tả của Palestine lẫn Mặt trận Nhân dân Giải phóng Palestine (PFLP), các hoạt động của nhóm rất đa dạng chẳng hạn như thực hiện các vụ không tặc ở sân bay quốc tế tại Nhật Bản, bắt cóc các quan chức chính phủ trong máy bay chở khách làm con tin và đòi tiền chuộc ở các cơ quan đại diện nước ngoài và đại sứ quán, nhóm thường lặp đi lặp lại các vụ tấn công khủng bố vào các cơ quan đại diện nước ngoài.

Các vụ khủng bố khiến dân thường thiệt mạng đã bị dư luận quốc tế lên án mạnh mẽ, đặc biệt là "vụ thảm sát sân bay Tel Aviv" xảy ra vào 30 tháng 5 năm 1972 khiến 26 người thiệt mạng.

Thời kỳ cuối

Sau khi chiến tranh Lạnh kết thúc vào năm 1990, hệ tư tưởng cực tả đã trở nên lỗi thời, các hoạt động hợp tác và tài trợ tiền bạc cho các tổ chức phiến quân chống chính phủ ở các nước và những chính phủ đối lập với các nước phương Tây và Israel ngày càng suy giảm, vài thành viên nòng cốt lần lượt bị bắt giữ một loạt như Maruoka Osamu và Wakou Haruo, dồn tổ chức vào tình trạng tan rã hoàn toàn.

Vào tháng 11 năm 2000, "người chỉ huy tối cao" Fusako Shigenobu trong khi đang ẩn náu tại Nhật Bản đã bị cảnh sát bắt giữ tại thành phố Takatsuki, Osaka vì bị nghi ngờ vi phạm luật về hộ chiếu. Tại thời điểm đó, cảnh sát cũng tịch thu một số tài liệu bí mật đã bất ngờ khám phá ra việc thiết lập một tổ chức giấu mặt "Thế kỷ 21 của hy vọng" phụ trách công tác bí mật và "Đảng Nhân dân Cách mạng" với mục đích thực hiện một cuộc cách mạng vũ trang ở Nhật Bản từ năm 1991, một vài tờ báo còn đăng tin về kế hoạch hợp tác giữa Đảng Dân chủ Xã hội (tên gọi cũ là Đảng Xã hội Nhật Bản) với Đảng Nhân dân Cách mạng.

Trụ sở cảnh sát còn bị cáo buộc vì có liên quan đến sự kiện "Thế kỷ 21 của hy vọng", cảnh sát thành phố Takatsuki đã bắt giữ một viên cảnh sát khả nghi tại nhà riêng ở Osaka vì có liên quan đến vụ việc, viên cảnh sát đã một mực từ chối có mối quan hệ với Hồng quân Nhật Bản. Cùng lúc đó cũng diễn ra một vụ điều tra có liên quan đến tổ chức "Thế kỷ 21 của hy vọng" tại nhà Hội đồng Quận của Đảng Dân chủ Xã hội. Nhưng Chủ tịch Đảng Dân chủ Xã hội vẫn tuyên bố "Tuy tôi không biết gì hết nhưng tôi vẫn sẽ điều tra sự thật".

Giải tán

Các vụ tấn công khủng bố liên quan đến dân thường bị dư luận quốc tế lên án, chỉ trích, và sự hợp tác với các tổ chức phiến quân chống chính phủ ở các nước từ sau khi kết thúc Chiến tranh Lạnh, khiến cho tổ chức ngày càng mất uy tín và khả năng hợp tác nhất là từ sau sự kiện Liên Xô sụp đổ năm 1990 khiến cho tổ chức gặp khó khăn trong việc lôi kéo các thành viên thuộc lớp thanh niên mới "có tình cảm với Đảng", nhiều thành viên lớn tuổi khác trong nhóm thì không còn hứng thú và nhiệt tình với các hoạt động của tổ chức. Vì vậy vào tháng 4 năm 2001 Fusako Shigenobu từ trong trại giam đã tuyên bố giải thể Hồng quân Nhật Bản, tổ chức chính thức giải tán sau 30 năm hoạt động.

Những thành viên chủ yếu kể từ khi thành lập ban đầu hiện vẫn còn sống, rất nhiều người trong số họ ngày càng già đi và một số khác thì đã qua đời từ lâu, số lượng thành viên còn lại mỗi năm cũng ngày một ít đi. Cục điều tra Khủng bố của Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ coi Hồng quân Nhật Bản là một tổ chức khủng bố quốc tế, hiện nay tổ chức này được các cơ quan chống khủng bố xác nhận chính thức giải tán.

Chỉ trích từ các thành viên cũ

Tháng 1 năm 2005, Yamamoto Mariko, một cựu thành thành viên của tổ chức đã bị bắt giữ kể lại rằng một thành viên khác là Wakou Haruo ly khai ra khỏi Hồng quân Nhật Bản từ năm 1979 vì có liên quan đến sự kiện Baagu, đã phê phán về tổ chức này như sau:

"Phẩm cách của tổ chức ngày càng trở nên tha hóa, sẵn sàng chống lại nhân dân, chống lại xã hội bằng cách thực hiện các phi vụ đánh cướp máy bay chở khách và chiếm cứ đại sứ quán, nhưng lại gặp thất bại trong khi bắt cóc các nhân viên công ty thương mại tại châu Âu, thông qua sự kiện này cho thấy thực trạng và tình hình thực tế của Hồng quân Nhật Bản."[3]